Am Abend des 13. April 1908 gegen 8 Uhr bricht Feuer in der Garnisonkirche aus. Der Brand war in der Nähe der Orgel ausgebrochen und hatte das gesamte Kircheninnere oberhalb der Emporen erfaßt. Die alte Kanzel, der Taufstein und einzelne Altargeräte konnten den Flammen noch entrissen werden, ebenso das an Urkunden und Akten reiche Archiv der Kirche. Dagegen konnten das große Altarbild, die Bilder Rodes, die Fahnen und die Orgel nicht gerettet werden. Obwohl 1896 eine zweite evangelische Berliner Garnisonkirche am Südstern gebaut worden war, ordnete Wilhelm II. den unverzüglichen und orginalgetreuen Wiederaufbau der Alten Berliner Garnisonkirche an. Nur das Dach hatte jetzt eine Mansardenform erhalten. Am 29. August 1909 wurde der Neubau in Gegenwart des Kaisers feierlich eingeweiht.
Der Zusammenbruch des Kaiserreiches blieb für die Berliner Garnisonkirche nicht ohne Folgen. Nun war die Garnison aufgelöst und damit wohl auch deren Gemeinde. Einen Patron hatte die Garnisonkirche auch nicht mehr. Deren Status und Rechtsverhältnisse als vormalige königliche Stiftung erwiesen sich im republikanischen System als äußerst kompliziert. Unter der Obhut des Reichswehrministeriums stehend, wurde die Kirche vom Garnison-Kirchen-Kollegium verwaltet. Von 1919 bis 1933/34 gehörte diesem der Feldpropst der Armee und der Marine, D. Friedrich Gottlob Erich Schlegel, an. Nach 1919, als in der Kirche kurzzeitig Kinovorführungen stattgefunden hatten, stand sie während der Weimarer Republik vor allem Traditionsverbänden der Reichswehr zur Verfügung.

Bis 1936 scheint sich eine Regelung der unklaren Rechtsverhältnisse hingezögert zu haben. Dann bemühte sich die Wehrmacht um das Patronat. Sie betrachtete sich als rechtmäßiger Nachfolger, da das Vermögen der einstigen königlichen Stiftung nicht nur aus Schenkungen Friedrich Wilhelms I., sondern auch aus Spenden von Heeresangehörigen erwachsen war. Trotz aller rechtlichen Unklarheiten erlebte das Gotteshaus weiterhin seinen kirchlichen Alltag. Bis in das Jahr 1943 geben die Kirchenbücher Auskunft. Am 21. November soll das Kirchengebäude seinen letzten Gottesdienst erlebt haben, bevor es am 23. November 1943 von einer Bombe getroffen zur Ruine ausbrannte.